Подводные камни могут могут всплыть в том случае Если вы запишете туда чужой софт или софт с не посчитанной кс А лучший вариант без всяких камней Сохранить полностью содержимое проца и еепром
А самая лучшая прошивка - это онлайн настройка standalone engine management system (а-ля AEM, Apexi, Megasquirt) на стенде... В кУпе с прямыми руками...