100% есть. В bcf комбик обычно сохраняет полный образ, так как файл зашифрованный. В bin сохраняется не все. Пароли от процессора не сохраняются и т.д. Поэтому для клона необходимо использовать именно bcf контейнер, а не по отдельности переносить данные. Сам с таким сталкивался и не раз. Так же рекомендую ставить галку "Общее действие" что бы загрузчик за один проход записывал все области (флеш+еепром). На некоторых ЭБУ это имеет значение. Например на реношных EDC16 если писать по отдельности в еепром возникает ошибка по ЭБУ.