Перепутать вы не сможете, это совершенно разные модули. Не экспериментировал, но думаю, комбилоадер не станет писать не родной софт.
Если будете писать на столе, то даже, если ваш загрузчик запишет чужой софт, то просто перепишете нужный и всё. На столе запись идет в BSL, поэтому поднимете блок. Если будете писать на авто по ОБД, то после записи чужого софта, авто 100% больше не заведется, пока не перепишете на столе нужным софтом. Допускаю, что придется иммо отключать.